1. Ia boleh digunakan sebagai farmaseutikal, racun perosak, pewarna, dan sintesis organik yang lain. Ia boleh digunakan untuk mensintesis 2- amino-pyrimidine, 2- amino -6- methylpyrimidine, 2- amino -4 sulfamethoxazole, sulfamethoxazole, dan sulfamethoxazole.
2. Guanidine hydrochloride (atau guanidine nitrat) bertindak balas dengan etil cyanoacetate untuk membentuk 2, 4- diamino -6- hydroxypyrimidine, yang digunakan untuk mensintesis asid folat ubat anti anemia. Ia juga boleh digunakan sebagai agen anti-statik untuk gentian sintetik.
3. Ia juga boleh digunakan sebagai ejen denaturing protein.
4. Sebagai ejen denaturing yang kuat dalam eksperimen mengekstrak jumlah RNA dari sel. Penyelesaian hydrochloride guanidine boleh membubarkan protein, menyebabkan kerosakan struktur pada sel dan struktur sekunder protein nuklear, yang memisahkan asid nukleik. Di samping itu, RNASE boleh diaktifkan dengan mengurangkan ejen seperti guanidine hydrochloride.